CLA-NGS細胞鑒定

▏ 背景

▏ 傳統多重PCR STR檢測及其局限性

目前，細胞系鑒定的傳統方法是基于聚合酶鏈式反應（PCR）的短串聯(lián)重復序列（STR）分型技術(shù)。該技術(shù)利用特異性引物擴增多個(gè)（通常為9-24個(gè)）具有個(gè)體間長(cháng)度多態(tài)性的STR位點(diǎn)，生成獨特的DNA“指紋”圖譜，用于識別細胞系身份和追蹤樣本來(lái)源。

      然而，該方法存在顯著(zhù)局限性：
      檢測位點(diǎn)有限：僅覆蓋9-24個(gè)STR位點(diǎn)（取決于試劑盒），區分能力不足。
      區分近緣樣本困難：對遺傳高度相似的樣本（如近交系小鼠細胞、同源腫瘤譜系）準確性低。
      MSI干擾：MMR基因突變導致微衛星不穩定（MSI），引發(fā)遺傳漂變、污染細胞過(guò)度生長(cháng)及STR誤      判。 靈敏度不足：理論靈敏度5-10%，實(shí)際應用中有時(shí)無(wú)法檢出高達20%的污染。
      鼠細胞鑒定困難: 在小鼠細胞系中表現不佳（如研究顯示42個(gè)樣本僅21例結果一致，PLOS ONE, 2019）。
 

▏ 深度測序（CLA with Deep Sequencing）技術(shù)

      基于靶向測序600+ SNP位點(diǎn)及染色體片段的深度測序（3000X覆蓋）與智能分析，深度測序（CLA with Deep Sequencing）技術(shù)可同步實(shí)現細胞系高精度鑒定、微量污染檢測（1%靈敏度）及多維度遺傳解析。

核心優(yōu)勢：
靶向測序：使用含 600+ SNP 和染色體片段的面板，結合 3000X 高深度測序，精準描繪遺傳特征。
智能分析：依托先進(jìn)生物信息學(xué)，不僅能檢出 SNP，更能分析其頻率，提供深度信息。
高通量能力：單次運行可處理數百樣本，遠超傳統 STR 的低通量。
多功能一體：兼具傳統 STR 不具備的功能：檢測病毒/支原體污染、鑒定人類(lèi)性別等遺傳特征、追蹤遺傳漂變與系統發(fā)育、精確定量混合樣本污染。

      基于此，NGS 已成功構建大型 SNP 指紋庫（如涵蓋 >1200 種人癌細胞系和 30 種小鼠細胞系），點(diǎn)擊此處查詢(xún)SNP指紋庫信息。

總結：深度測序CLA技術(shù)憑借其深度覆蓋、高分辨率、高通量、高靈敏度和多功能性，在細胞系鑒定領(lǐng)域超越了傳統的基于PCR的STR檢測方法。

 

▏ 深度測序CLA的獨特功能

▏ 自動(dòng)化流程與交付

周期：5-7天（樣本接收到報告）
報告內容：污染比例、SNP相似性評分、支原體/病毒狀態(tài)。
示例報告：CrownChipReport_CCK81-DEMO.html

▏ 應用場(chǎng)景

制藥公司：IND申報需FDA要求的生物樣本驗證。
科研機構：NIH資助和期刊（如Nature）強制要求CLA。
生物銀行：高通量樣本庫的質(zhì)量控制。